河流生态修复是指通过多种手段，恢复或重建受水电工程影响的河流水生态系统，并充分利用生态系统的循环再生、自我修复等特点，实现水生态系统的良性循环，实现以生物多样性保护为主的目标。简单来讲，河流生态修复也就是河流形态结构和生态功能的恢复或重建。河流连通性恢复，一般通过拆除拦河水工建筑物或修建旁通道的方式来实现。河流就好比是我们人体的血管，既承担输送营养的任务，又滋养了多种多样的水生物。拦河水工建筑物就好比是血管里的血栓，不但阻碍营养的供给，而且造成水生物种种群的隔离，久而久之，某些物种就可能从某些空间消失，河流生态系统功能退化。河流连通性恢复，从某种意义上决定了河流生态修复的成败。恢复的范围需要经过多方面论证确定，既要考虑整体和局部的关系，又要兼顾经济性和生态效果，甚至还要考虑不同层次的利益关系。

局部生境修复和鱼类产卵场营造，主要是为了创造适宜的生态水流形成条件，使水生生物得以繁衍生息。由于受长期人类活动干扰，几乎已经找不到原始的河流生态系统，大部分山区的中、小型河流包括水利水电、河道采砂在内的开发活动遍地开花，鱼类等水生物赖以生存的环境已经不具有适宜性，需要进行系统修复，包括岸坡再造、洲滩修复等。

生态调度，是以满足生态需水为目标的工程运行调度管理模式，通过泄放合适的流量维持一定的流态和水位过程以实现如鱼类繁殖等重要生态功能。典型的做法是在鱼类繁殖季节模拟天然河道的涨水过程，也就是人造洪峰。在某些涉及到城市和景区的河流，生态调度还要考虑生态景观的要求。

在某些河流，某些重要物种已经消失，需要在生境修复的基础上通过引种来重建生物群落关系。引进的鱼类物种必须是原生活在当地的土著种，还要考虑恰当的种群间竞争关系来维持生态系统的稳定性。